به گزارش «انتخاب»، علی باقری، معاون سعید جلیلی در مذاکرات هسته‌ای ایران و به همراه او از جدی‌ترین مخالفان برجام بود اما در دولت ابراهیم رئیسی به عنوان معاون وزیر خارجه، مذاکره‌کننده ارشد ایران در گفت‌و‌گوهای احیای برجام شده بود.  امیرحسین ثابتی اخیرا در گفت‌وگویی اختلاف میان این دو بر سر برجام را تایید کرده و گفته است: «علی باقری شخصا آدم محترمی است و هیچ وقت چیز بدی از شخصشان ندیدم. در ماجرای برجام نظر علی باقری خیلی عوض شد. علی باقری با جلیلی اختلاف بر سر برجام پیدا کردند. یکبار باید سه چهار ساعت با باقری به خاطر عوض شدن نظرش بر سر برجام گفتگو کنم. جنس علی باقری را جنس ظریف و روحانی نمی‌دانم.»