با توجه به اتمام هشتمین دوره شورای عالی حوزه‌های علمیه، اعضای نهمین دوره با پیشنهاد جامعه مدرسین و تأیید رهبر انقلاب و مراجع تقلید انتخاب شدند تا به مدت چهار سال سیاستگذاری کلان در عالی‌ترین نهاد حوزوی را برعهده داشته باشند. نکته درخورتوجه این است که در دوره هشتم آیت‌الله سید هاشم حسینی بوشهری و سید احمد خاتمی در جمع اعضای شورای عالی حوزه‌های علمیه حضور داشتند، اما به دلیل نامعلومی در میان اعضای دوره نهم این شورا حضور ندارند.